有研究表明，在小麥種植過程中施用含假單胞菌的微生物肥料，可通過其產(chǎn)生的抗生素抑制高曼諾氏菌(小麥的一種病原菌)。Lizárraga Sánchez等和Pereira等試驗(yàn)結(jié)果表明，施用微生物肥料（生防菌劑）可極大程度地降低莖腐和穗腐的發(fā)生率。

在玉米種植方面，宋玉清等學(xué)者研究和實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)，施用微生物肥料能增加玉米的株高、百粒重、籽粒蛋白含量和生物量，可顯著促進(jìn)玉米的株高、葉長、葉寬、根長及玉米地上部的鮮重和干重。

更有研究發(fā)現(xiàn)，微生物肥料在黑土區(qū)玉米實(shí)際生產(chǎn)應(yīng)用中潛力巨大，合理施用微生物肥料不僅能提高養(yǎng)分資源高效利用，實(shí)現(xiàn)土壤保育增肥，還提高了玉米抗病抗逆性，從而對玉米生育性狀起到正向促進(jìn)作用，并刺激玉米生長，改善玉米品質(zhì)，提高玉米減肥增效的應(yīng)用效果。

雷先德研究發(fā)現(xiàn)，微生物菌劑更有利于促進(jìn)水稻分蘗和水稻葉片生長。在水稻產(chǎn)量方面，微生物菌劑表現(xiàn)優(yōu)秀，相比較，微生物菌劑處理＞植物生長素處理＞常規(guī)化肥處理，分別為7869.11kg/hm2，7473.31 kg/hm2和6471.99 kg/hm2。

土壤中施用微生物肥料，利用微生物生長活動可以促進(jìn)土壤團(tuán)粒結(jié)構(gòu)的形成，增加土壤透氣性。在鹽堿地中施用微生物肥料，通過微生物繁殖過程中產(chǎn)生的有機(jī)酸可以緩和根際土壤的鹽堿環(huán)境，有利于作物根系生長和養(yǎng)分吸收。在酸性土壤中施用調(diào)酸功能型微生物肥料，能明顯提高土壤pH值，并能改變土壤重金屬形態(tài)，降低作物對重金屬的吸收。