1.化肥中不含有機質(zhì)、腐殖質(zhì)，因此大量使用化肥，土壤由于有機質(zhì)和腐殖質(zhì)的缺乏，土壤團粒結(jié)構(gòu)遭到破壞，造成土壤板結(jié)，農(nóng)植物產(chǎn)量下降。
2.化肥利用率低，氮肥因為易揮發(fā)、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因為磷酸根化學活性活潑，施入土壤后大部分磷與土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等陽離子結(jié)合形成難溶性磷肥。鉀的利用率也只有50%左右。
3.化肥大量使用使蔬菜瓜果品質(zhì)大大下降。由于作物不僅僅需要氮磷鉀，同時還需要鈣鐵鋅硒等許多微量元素，而化肥一般成分比較單一，所以長期使用化肥必然導致土壤中所含養(yǎng)分趨于單一，易使作物營養(yǎng)失調(diào)，從而導致作物內(nèi)部轉(zhuǎn)化合成受阻，必然導致作物品質(zhì)下降，瓜不甜，菜不香。
4.危害人體健康。大量施用化肥，易使蔬菜中硝酸鹽含量超標，而亞硝酸鹽與胺類物質(zhì)結(jié)合形成N-亞硝酸基化合物為強致癌物質(zhì)。
5.化肥的大量使用，還造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。
6.化肥的長期低效施用，往往造成土壤中某些元素的過分積累和土壤理化性質(zhì)的變化及環(huán)境的污染。
7.從中國大量使用化肥看，越使用化肥，地力就越下降，就越依賴化肥，由此形成惡性循環(huán)。
生物菌肥料的優(yōu)點：
1.改良土壤。(1)通過有益菌的大量繁殖，大量有益菌在植物的根系周圍形成了優(yōu)勢種群，抑制了其他有害菌的生命活動。(2)快速分解土壤有機物質(zhì)，促進土壤團粒的形成，且通過有益菌的活動能夠疏松土壤，土壤的保肥、供肥、保水、供水及透氣性都得到很好的調(diào)節(jié)。(3)分解土壤中的農(nóng)藥殘留，避免殘留農(nóng)藥對下季作物產(chǎn)生藥害。還對植物生長過程通過根系排放的有害物質(zhì)進行分解。
2.固氮、解磷、解鉀功能。能夠部分利用空氣中的氮，通過有益菌生長代謝產(chǎn)生相應(yīng)的酶和酸，可對土壤中難溶性的磷、鉀肥(土壤中難溶性磷肥占95%，難溶性鉀占98%)進行分解，從而成為植物所能吸收的磷鉀肥。因此能夠大大提高作物對肥料的利用率，從而減少肥料的施用。＇
3.提高作物品質(zhì)。解磷、解鉀的同時，能夠促使土壤中微量元素的釋放，被作物所利用，同時有益菌代謝產(chǎn)生多種植物所需的物質(zhì)，如小分子氨基酸、生長刺激物質(zhì)、維生素等。
4.達到生物防治病害的效果，灌根可抑制土壤中的病菌，噴到葉面，可防止病害的入侵。
5.促進作物早熟和延長采收期。由于土壤理化性質(zhì)得到改善，土壤養(yǎng)分豐富且平衡，土壤中肥料能夠更好的被作物很好的吸收，因此能夠促進作物早熟和延長采收期。
6.和有機肥配合使用，能夠持續(xù)不斷的改良土壤，2-3年就可使土壤完全達到生產(chǎn)有機作物的標準，且因為有益菌能夠快速分解有機物質(zhì)為作物吸收，所以克服了有機肥料肥效慢的特點，單施有機肥產(chǎn)量低的特點。
7.生物菌肥不像化肥那樣，一次性將過量的可溶性營養(yǎng)元素帶入土壤，生物菌肥可避免環(huán)境污染，且有益菌不斷的在植物根系周圍不斷的繁殖代謝，持續(xù)地、非過量的向作物提供營養(yǎng)。
來源：中國有機肥協(xié)會
